Infatti nella Provincia di Lombardia, termine che allora indicava un territorio più vasto, comprendente anche l’attuale Emilia e il Triveneto,
i tribunali dell’Inquisizione erano affidati all’ordine dei frati Domenicani.
Dal 1558, anno di intensissima repressione anche nei confronti di vescovi
sospettati di simpatizzare con la Riforma di Lutero,
la sede milanese venne spostata a Santa Maria delle Grazie per iniziativa del domenicano fra Michele Ghislieri,
Inquisitore supremo e futuro papa (sarà Pio V).
Con la morte dell’ultimo Inquisitore milanese, Giovanni Francesco Cremona (1779),
la sede di Milano cessò definitivamente le sue funzioni.
Furono parzialmente demoliti con il rinnovo del complesso architettonico a fine Ottocento,
ma porzioni di murature antiche con tracce di decorazione ad affresco-
alcune sono visibili anche nelle zone filtro di accesso al Refettorio-
ci parlano ancora oggi di questa pagina di storia poco nota.